Ibadah sekolah SMA Negeri 1 Ambon dilaksanakan dengan penuh khidmat dan sederhana, yang berlangsung langsung di ruang kelas masing-masing. Pelaksanaan ibadah ini dibagi dalam dua sesi, yaitu pada akhir jam pembelajaran untuk siswa sekolah pagi dan pada awal jam pembelajaran untuk siswa sekolah siang.
Meskipun dilaksanakan di kelas, suasana ibadah tetap terasa hikmat dan tertib. Siswa-siswi mengikuti setiap rangkaian ibadah dengan sikap yang baik, mulai dari pujian, doa, hingga penyampaian firman Tuhan, sebagai bentuk pembinaan iman dan karakter di lingkungan sekolah.
Melalui pelaksanaan ibadah dalam dua sesi ini, SMA Negeri 1 Ambon terus berkomitmen menanamkan nilai-nilai rohani dan moral kepada peserta didik, sehingga mereka tidak hanya bertumbuh secara akademik, tetapi juga secara iman, karakter, dan tanggung jawab sebagai generasi muda.